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IDAV Evolutiva Morphing

11.10.2016

Abstract

Nos proponemos desarrollar herramientas de software para el analisis, la interpretacion y visualizacion de la forma tridimensional de los datos de vivos y extintos organismos, utilizando el marco estadistico de la geometrica morphometics. Mientras que este software sera muy util en la biologia y la paleontologia, tenemos la intencion de enfocar nuestro trabajo por la concentracion en un problema importante: la incorporacion de los fosiles en evolutivos de los arboles. Evolutivo de los arboles para grupos de especies vivas se calcula generalmente con datos de secuencia de ADN. Ya que esto normalmente no esta disponible para las especies extintas, necesitamos utilizar la morfologia de las formas de fosiles y moderno muestras) para decidir como las especies extintas deben ser incluidos en un arbol cuyo marco se basa en los estudios moleculares. Especificamente, el plan para la estimacion de un bien apoyado arbol evolutivo para la mayoria de la Africana papionin monos, intrinsecamente un interesante grupo que incluye a unos como a muchos de extincion que viven grupos de especies. Nuestro analisis se basa en una gran base de datos existente de datos tridimensionales (en su mayoria superficie del craneo) en el Museo Americano de Historia Natural.

Este extremo-a-extremo, proyecto de analisis debe producir los resultados de la investigacion a todos los niveles. Los graficos interactivos, visualizacion y analisis estadistico de herramientas que nos proponemos son cada vez mas ampliamente necesarios como la cantidad de morfologia tridimensional de datos aumenta. Esperamos que la estrecha interaccion de la morfometria geometrica y graficos por ordenador conducira a nuevas ideas sobre la representacion de la forma. Tenemos nuevos enfoques para el problema de la integracion de la morfologia con datos moleculares en el estudio de la evolucion, que esperamos sera un exito y aplicable en muchas partes del arbol de la vida. Y con cantidades masivas de nuevos datos, nuevas procesamiento y analisis de software, y los nuevos enfoques para la integracion de la morfologia, esperamos ser capaces de responder a preguntas especificas acerca de la evolucion de los monos Africanos, que han permanecido esquivo hasta ahora.

Nuestra propuesta de trabajo tendra una variedad mas amplia de los impactos mas alla de nuestras propias agendas de investigacion. Una gran parte del proyecto se hara en el Lehman College de CUNY, una minoria institucion al servicio en el Bronx, y de la minoria de estudiantes universitarios ya estan involucrados en la investigacion. Las herramientas de software vamos a desarrollar son muy necesarios y se convertira en parte de la infraestructura cientifica y nuestras visualizaciones serviran de base para el intercambio de investigacion en evolucion con el publico en general.

AAA/NSF de Visualizacion Cientifica de la Competencia de la Entrada

a Continuacion es nuestro video de cinco minutos de presentacion en el no de medios interactivos de la categoria para la que le gano una mencion honorifica en el premio.

IEEE Visualizacion de 2005

Descargar el powerpoint presentacion en el Vis (ZIP 53MB)

a Continuacion es nuestro video de cinco minutos de la presentacion que acompana a nuestro Visualizacion de 2005 de papel. Este video es un poco mas tecnico que nuestra NSF video de arriba.

Imagenes
Historico del Editor

Hito fue desarrollado por los cientificos en el Instituto de Analisis y Visualizacion de Datos (IDAV) y la Universidad de California, Davis. Trabajando en conjunto con los colaboradores en el Museo Americano de Historia Natural, el equipo fue capaz de crear una herramienta de facil uso para el hito de la edicion y la colocacion en superficies geometricas normalmente se obtiene a traves de laser rango de analisis.

El objetivo principal de la senal es facilmente hito puntos y semi-hito puntos con precision y con alta repetibilidad en superficies complejas para los efectos de la inscripcion, la alineacion, la transformacion, y el calculo de la hipotetica antepasados evolutivos de los arboles.

Caracteristicas:

  • Punto, curva, y el parche de primitivas para colocar el tipo exacto de hito punto de que’re interesado en
  • la Exportacion de hito puntos para su uso en otras aplicaciones
  • Correspondencia entre el hito puntos sobre diferentes superficies.
  • Automatico de inferencia de hito correspondencias existentes basados en las relaciones
  • Semi-automaticos de transferencia de hito puntos de una superficie a otra
  • Integrado en morphing entre dos superficies de contacto
  • superficie Transparente de representacion permitiendo la inspeccion del interior de las superficies
  • Facil de usar interfaz 3D para la manipulacion de superficies y de referencia primitivas
  • Retrodeformation para onu-deformacion de los fosiles
  • Dos dimensiones de la deformacion y la fusion
  • la Importacion de hito en Hito
  • gestion de Archivos para grandes proyectos
  • Una interfaz de plugin
  • calibracion de Medicion
  • Reordenar hito primitivas facilmente
  • Transversales/plano coronal especificacion
  • Mayor hito de la manipulacion
  • Asas de falta de datos

proximamente.

actualmente Estamos trabajando en:

  • el Empleo de baja resolucion de los modelos de interactividad
  • Mejora de retrodeformation
  • reparar fosiles
  • Flexible parches
  • Malla para colorear basado en la curvatura

Documentacion

el Hito de La documentacion se proporciona en formato PDF y muestra un tutorial para dos cerebros de las superficies. Se puede descargar por separado en el siguiente enlace (se incluye en la distribucion de software a continuacion):

Descargar

Historico momento, solo esta disponible para Microsoft Windows. Descargar un zip de instalacion desde el siguiente enlace:

Revisiones

  • 6 de noviembre de 2007: Fijo CAPAS problema de lectura para algunas CAPAS de los modelos. Se ha anadido una serie de mejoras.
  • 4 de abril de 2006: se Corrigio la CAPA problema de lectura para algunas CAPAS de los modelos.
  • 20 de Mayo de 2005: se ha Anadido anotaciones para exportar hito puntos, se han solucionado algunos bugs, y se retira VTK.
  • 25 de Febrero De 2005: punto Fijo exportacion de choque y missplaced puntos.

  • el 26 de enero De 2005: se Corrigio la representacion de error.

  • 25 de enero de 2005: se Fija la PHANTOMIOLIB42.DLL problema al iniciar la aplicacion.
  • los Colaboradores del Proyecto

    • David F. Wiley (1,2)
    • Nina Amenta (1,2)
    • Eric Delson (4,5,6,7,8)
    • F. James Rohlf (3,4,5,6)
    • Bernd Hamann (1,2)
    • Katherine San Juan (5,6,9)
    • Dan Anthony Alcantara (1,2)
    • Yong J. Kil (1,2)
    • Deboshmita Ghosh (1,2)
    • Se Harcourt-Smith (6,8)
    • Steven Frost (6,10)
    • Alfred L. Rosenberger (4,5,6,11)
    • Lissa Tallman (4,5,6,7)
    • Todd Disotell (5,12)
    • Rob O’Neill (6,13)
    1. Instituto para el Analisis de Datos y Visualizacion de la Universidad de California, Davis
    2. Departamento de Ciencia de computacion de la Universidad de California, Davis
    3. Departamento de la Evolucion y la Ecologia, de la Universidad de Stony Brook
    4. Tel.D. Programa de Antropologia, Universidad de la Ciudad de Nueva York
    5. NYCEP (Nueva York Consorcio punto de vista Evolutivo, la Primatologia)
    6. NYCEP Morfometria de Grupo
    7. Departamento de Antropologia, universidad de Lehman College/CUNY
    8. la Division de Paleontologia del Museo Americano de Historia Natural
    9. Departamento de Matematicas y Ciencias de la computacion, Lehman College/CUNY
    10. Departamento de Antropologia de la Universidad de Oregon
    11. Departamento de Antropologia, Brooklyn College, CUNY
    12. Departamento de Antropologia de la Universidad de Nueva York
    13. Artes Digitales Laboratorio de Investigacion, el Instituto Pratt

    Publicaciones

    • Ryosuke Motani, Nina Amenta, David F. Wiley, Posibilidades y limitaciones de las tres dimensiones retrodeformation de un trilobites y plesiosaurio vertebras. en: PaleoBios. p 88, 2005.
    • David F. Wiley, Nina Amenta, Dan A. Alcantara, Deboshmita Ghosh, Yong J Kil, Eric Delson, Harcourt-Smith, F. James Rohlf, Katherine San Juan, Bernd Hamann, Evolutivo Morphing. en: los Procedimientos de IEEE Visualizacion de 2005. 2005.
    • Deboshmita Ghosh, Andri Sharf, Nina Amenta, Caracteristica impulsado por la deformacion de la densa correspondencia. en: los Procedimientos de SPIE de Imagenes Medicas. p. 36, 2009.
    • Misha Kazhdan, Nina Amenta, Shengyin Gu, David F. Wiley, Bernd Hamann,

    Este material esta basado en el trabajo apoyado por la Fundacion Nacional de la Ciencia en virtud de la Concesion No. SEI(SBE)-0513894. Las opiniones, hallazgos y conclusiones o recomendaciones expresadas en este material son las del autor(s) y no reflejan necesariamente las opiniones de la Fundacion Nacional de Ciencias.

    Copyright (C) 2002-2006 por David F. Wiley y el Instituto de Analisis y Visualizacion de Datos (IDAV)

    Descripcion del articulo: morphing de software

    Fuente: IDAV Evolutiva Morphing

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